회원 테이블에 두 개 있는 셈이군요.

로그인 절차를, 회원 테이블 두 개 검사해서 처리하도록 프로그램(그누 보드)을 수정해야죠.

당연히 명쾌한 답이 있을리 없죠
그누보드 회원 테이블과 구조가 완전히 다른데 그누보드에서 쓰이는 mb_level mb_point 등을
어떻게 동일하게 작동되게 하느냐하는 것이 쉽지않은 일 아니겠어요?
쪽지보내기 쪽지알림 등까지 생각해 보면, 게다가 아이디가 동일한 것도 있을 수 있으니....

현재 두 사이트에서 동일한 아이디는 가입하지 못하도록 만들어져 있는 것은 아니겠죠?
그렇다면 다른 사이트에 abc로 가입한 회원이 로그인해서 그누보드에 글을 등록했는데
그누보드 사이트에 다른 사람이 abc로 가입해서 활동을 한다면 등록자가 뒤죽박죽 되어버리겠죠

양쪽 사이트 회원 가입시 회원 테이블에서 동일한 아이디가 있으면 가입 불가능 하게하는 작업부터 먼저 하세요
그 다음 현재까지의 가입자 중에 같은 아이디가 있는지 확인해서 한 쪽은 사용하지 못하게 한다
다음은 활용팁 게시판이나 스킨자료실 찾아보면 세션대신 디비로 로그인 하는 법이 있을 겁니다
그걸 이용하면 로그인 까지는 되겠네요
아니면 다른 사이트 로그인시 그누세션 폴더에도 로그인 정보를 기록하든지 하면..