여러가지를 생각하셔야 합니다.
말씀하신대로 구현을 하게되면 구매/주문 프로세스에서 환불이나 교환에 대한 정책도 마련하셔야 합니다.
구지 세션이나 쿠키까지 사용할 필요가 있을지도 궁금합니다.

제가 생각난대로 나열하자면

주문서 작성 페이지 - 추천인 기입란을 추가 / 주문서 테이블에 추천인 아이디 필드 추가
주문완료 변경 시점 - 관리자모드에서 주문완료 체크시 디비구조가 변경되는 시점에서
                            추천인에게 인센을 부여하게 됩니다.
환불/교환 시점 - 위와 같이 역시 관리자모드에서 환불하게 될때 인센을 다시 돌려받습니다.
공통사항 - 위의 3가지 항목에서 인센의 플러스/마이너스를 별도 테이블에 기록하여
              해당 변경시점의 아이디와 주문서 고유값등을 보유합니다.

이외의 것에도 추천인 입력한에 ajax로 해당 추천인이 존재하는지 정도의 검색기능과
별도 관리자 메뉴를 넣어 인센 지급현황을 디테일하게 확인할수 있는 페이지도 있으면 좋겠네요.