일단 가장 문제 되는 것은
모바일 빌더를 만들기에 앞서 테스트 기기가 없다는 점입니다.
요즘은 스마트폰이 대세로 쉽게 구할수 있기때문에 문제가 안될것이라는 분들이 많은데요.
저같은경우는 오리지널폰(폴더 3g폰)을 선호하여 스마트폰을 쓰지 않습니다.

다른 문제점은
스마트 폰마다 출력하는 모양이 다르다는점입니다.
스마트폰이 보급이 널리 됨에 따라 액정에 크기도 많이 다른데요.
그에 따라 모바일 홈페이지의 객체 크기를 쉽게 정하지 못한다는 점입니다.

다음 문제점은
모바일 홈페이지의 필요성입니다.
문론 스마트 폰의 보급률이 증가에 따라 일반 홈페이지가 아닌 모바일 홈페이지를 많이들 많드는 축입니다만 일반 유저가 사용이 편한 일반 홈페이지를 많이 찾는 이유 때문에 모바일 홈페이지의 필요성이 상당히 떨어져 보입니다.

다음 문제점은
모바일에서의 표현입니다.
모두 아시겠지만서도 스마트폰에는 크게 두가지로 나눌수 있습니다. 아이폰  os, 안드로이드 os 문제가 되는것은 같은 화면이지만 둘의 출력이 틀리다는점입니다. 또한 안드로이드의 경우에도 버전에 따라 출력이 달라진다는 점입니다. 요즘은 프료요(안드로이드 2.1버전 프로요)를 많이 보급하는데 프로요의 경우 html의 거의 모든 표현이 된다고 볼수 있지만 그 하위 버전에서는 일부가 지원이 안되는것으로 알고 있습니다. 플래시의 출력같은 경우에서도 보면 아이폰에서는 출력이 안되고 안드로이드의 경우도 프로요 버전 이하에서는 출력이 안됩니다.

다음 문제점은
DTD입니다.
모바일의 특성상 홈페이지를 DTD로 제작하지 않는 이상 모바일 홈페이지에 제한사항이 너무나 많습니다.