a href 경로가 $list[$i]['href']에 저장되어 있습니다.

for($i=0; $i<=count($list); $i++) {

바로 밑에 경로를 재정의 해주시던가 밑에 $list[$i]['href'] 변수를 원하시는 소스로 수정하시면 됩니다.

문제해결방안.
1. 원하는 기능 =>클릭하면 window.open으로 가로세로 지정하여 띄우려고한다.
2. 자료조사 => 네이버에서 팝업 자바스크립트 등의 검색어로 오픈하는 자바스크립트 소스를 배운다.
3. 적용1 => 임의의 주소로 해당 소스를 테스트 해본다. 잘된다
4. 적용2 => 리스트 스킨에서 글을 읽을때 쓰는 주소를 확인한다.
      http://주소/bbs/board.php?bo_table=게시판아이디&wr_id=게시글아이디
와 같은 형식이다. 게시판 아이디와 게시글 아이디는 $bo_table, $list[$i][wr_id]라는 변수에
값이 저장되어 있다. 그러나 저러나 이런 자주 쓰이는 것들은 그누보드에서 변수로 저장시켜 준다.
$list[$i][href] 라는 변수다.

자바스크립트 소스 보통 팝업이 함수로 되어 있고 팝업 경로를 지정하는 부분이 있다.
그 부분에 저 변수를 집어 넣어 버린다.

5. 적용3
<?
for($i=0; $i<=count($list); $i++) {
$list[$i][href] = "javascript:자바스크립트팝업함수('값','값',등등,'{$list[$i][href]}');";

.
.
..




6. 테스트 및 확인.




정도로 하면 될까요. 자바스크립트 소스는 자력으로 찾아보시는걸 추천드립니다./