bbs/delete.php의 아래 기능은 모두 정상적으로 작동합니다.
 
aaa 가 쓴 원글에 bbb가 답글을 달았지만
관리자로 로그인 상태에서 삭제하지는 않았는지 봐보세요.
관리자는 코맨트 있어도 삭제 가능합니다.
아쉬운 부분은 이 부분 인데요

and mb_id <> '$member[mb_id]'

PC 방에서 비 회원으로 그 글을 썻습니다.
다음에 그 자리에 다른 사람이 앉았죠.
그럼 어떤 권한으로 그 게시물이 내것이다 라는 것을 밝히죠? IP가 같은데.
지문인식 스캔 저장??
현재로서는 아이디가 있을때만 그것을 책임진다?? 가 맞나요??

// 코멘트 달린 원글의 삭제 여부
$sql = " select count(*) as cnt from $write_table
          where wr_parent = '$wr_id'
            and mb_id <> '$member[mb_id]'
            and wr_is_comment = 1 ";
$row = sql_fetch($sql);

if ($row[cnt] >= $board[bo_count_delete] && !$is_admin)
    alert("이 글과 관련된 코멘트가 존재하므로 삭제 할 수 없습니다.\\n\\n코멘트가 {$board[bo_count_delete]}건 이상 달린 원글은 삭제할 수 없습니다.");

구조적인 부분을 체크하기 이전에
논리적인 부분을 체크해 보시기 바랍니다.

혹시 관리자 접속후 게시물을 삭제했는지(가장 큰 의심이 되는 부분)...

저도 관리자가 삭제했을 가능성이 높다는데 한표를 던져봅니다.

테스트를 할 수 있는 게시판 링크를 걸어두셨으면 더욱 좋았을텐데요.