질문이 대략 어떤 스킨을 뜻하시는지는 잘 모르겠으나
만약 동영상 파일 위치가 일반 아파치 서버에 업로드 되어있을때는
아파치계열에서는 스트리밍자체 지원이 안돼므로 중간 지점이동이 되지 않습니다.
중간부분부터 보시고 싶으시면 동영상 자체를 윈도우스트리밍을 받으셔야 합니다.

질문에 적합한 답인지 모르겠네요.

위 링크 오류입니다.

그리고 일단 제가 아는 동영상스킨의 대부분의 경우 플레이어 부분은 미디어 플레이어 처럼 만든 교묘한 디자인이지요
이미지버튼을 자바 스크립트로 처리하는경우가 대부분일테구요

아마도 그 프레임 이동부분의 스크립트가 오류가 나서 이동이 되지 않는듯 합니다.
차라리 플레이어미디어 디자인을 포기하시고 자체 윈도우미디어 플레이어를 embed로 심어서 이용하시는것이
맘편한 방법일수 있습니다.
아마도 해당 스킨도 embed로 플레이어를 심는 부분이 있을텐데 옵션조정 하셔서 만져보시면 될것 같습니다.

물론 100% 맞는 말이 아닐수 있습니다. ^^;